陈深最后离开了上海。行动代号归零。整个故事结束于1945年8月15日日本宣布无条件投降之后，他乘坐着一辆黑色轿车离开了码头。旁边坐的是徐碧城，但是他们之间并没有交流。把镜头拉远一些的话，就能看到黄浦江上波澜不惊。字幕中说明了他这次出行是为了完成新的工作任务，并且要前往下一个战场。

表面的结果就是这样的。干干净净、明明白白，没有半点拖泥带水的地方。

陈深完成了潜伏任务之后，自己的身份并没有被曝光出来，全身而退。他从汪伪特工总部行动处一分队队长的位置上一直都没有把毕忠良拿到实质性的证据。中间发生过很多危险情况，档案室胶卷事件、归零计划泄密、苏三省死缠烂打，在最后一刻都被化解了。观众从头看到尾，看他剃头、喝酒、打麻将、陪毕忠良太太看戏，一个典型的混日子的小开形象。下面是军统锄奸、转移情报、掩护同志的地方。

毕忠良死于苏三省之手。这个转变很多人都没有料到。整部戏前半部分中，毕忠良就是汪伪76号的核心人物，陈深的直接上级和结拜兄弟。他对陈深产生了怀疑，并且已经看了五十六集，但是仍然缺少最后一根稻草来证明自己的想法。并不是因为他的能力不足，而是因为他妻子刘兰芝在保护着他。刘兰芝把陈深深当成自己的亲弟弟，毕忠良是不敢动手的。苏三省投靠了日本之后，急于往上爬，设计陷害毕忠良。那场戏是在仓库里拍摄的，毕忠良身上被十几颗子弹打穿了，临死之前他还睁大着眼睛看着陈深。陈深深蹲下来没有说一句话。毕忠良的嘴动了一下，并没有出声。有人说他所说的其实是“你是真的”，也有人认为他是说“好好照顾你的嫂子”。编剧没有给出一个确切的答案。

毕忠良这个人物实际上就是一种悲剧性的构造。他对于陈深有着真挚的感情，对于汪伪政权也持有忠诚的态度，在局势上也有自己的见解，但是每一边都没有走到尽头。死在苏三省的手上倒是可以摆脱陈深身上的一个道德困境——如果让陈深深手去杀死毕忠良，他能扣动扳机吗？剧中一直都没有涉及到这次测试的事情。

苏三省的结果就是崩溃。精神彻底瓦解。他的姐姐苏翠兰也被日本鬼子给杀死了，他投奔的那个靠山也垮了，在76号审讯室内发了疯。李小男被揭露之后，苏三省来负责审问，方法非常残忍。后来他对李小男产生了扭曲的占有欲，在李小男牺牲之前还当着他的面咬了自己的舌头自杀。这件事情就成为了一根稻草把人给压死了。大结局的时候他在空荡荡的房间里叫着李小男的名字，结果却被自己的人给拉走了。并没有明确说明他是死于判决还是活生生地被处决，所以留下了两种可能的答案。

李小男的牺牲是整个剧情中情感浓度最大的一场戏。当陈深发现自己的妻子被逮捕的时候，他便想方设法地去营救她。陶大春安排劫囚车，没有成功。第二次计划是用归零计划的内容来交换，但是被毕忠良看穿了。李小男在审讯室内咬舌头的那一幕，只有陈深深在走廊里听到动静之后的身影被拍摄下来。肩膀一沉，并没有哭戏、没有嘶吼。他转过身来往外走，又开始布置下一次的动作了。这样的处理要比所有的煽情都要牢固得多。

归零计划就是后期的主要麦高芬。汪伪政府预料到战争失败的日子就要到了，于是制定了把档案烧掉、把财产转移到其他国家去、安置潜伏人员等计划。陈深拿到了这份计划之后，就相当于掐住了战后的清算名单。唐山海为保护群众而英勇献身。在唐山海死后，他把胶卷咽下去了，尸体被剖开拿走了情报。陈深最后是通过刘兰芝的关系，在毕忠良保险柜里面拿到了完整的版本，并且把这份资料交给组织。

关于徐碧城的结局，并不是所有人都满意。她从军统特训班毕业之后，在上海配合了唐山海行动，经历了唐山海牺牲、自己也被怀疑过、身份差点就被暴露出去，最后和陈深一起撤退。她和陈深之间隔着唐山海。唐山海死后对她说的话是：“如果有条件的话，请帮我照料他。”指的是陈深。这句话在剧中出现了两次，在第一次中是唐山海临刑前在囚车上低声说的，在第二次中是徐碧城在陈深撤离前夜的回忆闪回。两个人在码头上的那段沉默，其实已经完成了这个嘱托的传递。

扁头这个人物的结尾耐人寻味。他是76号底层特务，和陈深一起混吃混喝，胆小怕事，在关键时刻为陈深挡住了子弹。大结局并没有说明他后来的情况。在最后的一场戏中，陈深下车之前回过头看了一眼码头和仓库的方向，有一些观众认为这是在看扁头。导演阚卫平在接受采访时已经说过，扁头之后就留在了上海，并且改名为码头工人，不再参加任何政治活动。算是善终了。

柳美娜死在了陈深的怀中。她叫毕忠良的秘书，暗恋着陈深，不小心发现了陈深偷偷拍摄归零计划，并且没有举报。毕忠良发现之后就追问她，她咬死不说，被毕忠良一枪打在了肚子上。陈深到了之后，她已经说不出来什么了。柳美娜这个角色，在前面的部分戏份并不突出，但是到了最后这一部分的时候，她却把整个故事都给撑起来了。她并不是哪一边的人，在乱世中错爱过一个人。

整部剧中收尾的逻辑都建立在这样一个前提之上：陈深一直都没有被发现。毕忠良临死的时候并没有揭发自己，苏三省疯之前也没有咬出自己的事情来，柳美娜临死的时候也没有供出自己。也有人认为过于理想化了。编剧海飞的说法是，陈深这个人物原型融合了多位潜伏者经历的部分内容，在这其中确实有个人做到过全程不被人发现的情况。并不是因为运气好，而是由于严格的单线联系制度、谨慎的行为习惯，再加上一点——他从来都不会去记下来。所有的信息都依靠人的记忆来保存，并没有留下任何的文字记录。

大结局的最后一场戏中，陈深坐于轿车后座上，而徐碧城则坐在他的身旁。车窗外是外滩上的建筑，钟楼也敲响了。车经过外白渡桥的时候。缺少了音乐的渲染，只留下了环境声音。该部分与整个剧情保持一致，并没有对观众的情绪进行评判。

之后陈深这个人就再也没有出现过任何公开的记录中。字幕中说的是“他仍然在为信仰奋斗”，没有提到具体的去向。有人说是去东北了，也有人说是到香港去了。在剧组最初的剧本中有一处注释：陈深，生于民国十一年（即1922年），建国以后就失踪了。播出的时候就变成了字幕版了。

沈秋霞的结局是最初就已经确定好的。她就是陈深的妻子、上线、代号宰相。第一集就抓到了，第四集也牺牲了。她死定了，所以整部戏都有一种人随时可以死去的感觉。陈深每次到刘兰芝家吃饭的时候，刘兰芝都会给他夹菜，而他低头扒饭的画面中也常常会出现沈秋霞的身影。剧中并没有直接描写他为沈秋霞而哀伤的情景，全部都是通过一些细节来填充进去的。他给沈秋霞的儿子寄钱、托人照顾，这些事情旁白不说，由观众自己串起来。

苏三省疯掉之后，76号树倒猢狲散。李默群被执行死刑，周丽被逮捕了，小男的父亲在街口看着陈深离开。这些配角都有各自的收束线。群体人物处理得很干净。

麻雀这个代号的意义直到大结局的时候才会全部落定。陈深最后用电台发送的信息为：“麻雀归巢。”四个字。接受方沉默了三秒钟之后才回了一句：“收到。”这段对话在剧中已经拍摄好了，但是播出的时候又把这部分删掉了。导演之后在接受采访时又补充了一句。麻雀回到窝里，并不是终结，在归零之后又开始了新的征程。

黄浦江上的镜头大约拍摄了15秒钟左右。没有配乐，在片尾出现了无声字幕，并且滚动完毕。当时的观众认为是设备出了问题。这是有意为之的。